内科片区

• 神经内科
• 老年医学科
• 呼吸与危重症学科
• 心血管内科
• 消化内科
• 血液科
• 风湿免疫科
• 内分泌代谢科
• 肾病学科
• 重症医学病区

外科片区

• 泌尿外科
• 心脏大血管外科
• 胸外科
• 神经外科
• 肠道外科
• 胃 甲状腺 血管外科
• 肝胆外科
• 骨科脊柱病区
• 骨科关节病区
• 创伤骨科病区
• 耳鼻咽喉科
• 眼科
• 麻醉科
• 总院手术室
• 皮肤科
• 肛肠科
• 男性科
• 医学美容中心

医技片区

• 介入放射诊疗科
• 放射科
• 超声科
• 医学检验科
• 病理科
• 输血科
• 核医学科
• 临床营养科
• 消毒供应科
• 药学部
• 中心实验室
• 营养与代谢实验室

分院院区

• 平湖分院
• 百安分院
• 江南分院
• 铁峰山分院
• 肿瘤中心
• 急救中心
• 口腔中心
• 中医诊疗中心

六大中心

• 心脏中心
• 脑科中心
• 健康管理中心
• 骨科中心
• 基因检测中心
• 医学影像中心

医疗集团

• 龙驹镇中心卫生院
• 甘宁镇中心卫生院
• 武陵镇中心卫生院
• 分水镇中心卫生院
• 白羊镇中心卫生院
• 梨树乡卫生院
• 罗田镇卫生院
• 恒合土家族乡卫生院
• 普子乡卫生院
• 地宝土家族乡卫生院
• 万州区卫生干部进修学校 双河口社区卫生服务中心
• 万州上海医院
• 巫山同济医院

行政科室

• 党委办公室（团委）
• 院务部
• 纪监室
• 审计科
• 工会办公室
• 人力资源部
• 运营管理部
• 医务部
• 科研外事部
• 教学部
• 护理部
• 感染管理部
• 预防保健部
• 医保部
• 财务部
• 信息数据部
• 设备保障部
• 后勤保障部
• 安全保卫科